Inversionsdetektion med mile-post analyser

  • Emily Källström

Examensarbete: Yrkesexamen, grundnivå

Abstract

Hemofili A (HA) är en x-bunden recessiv sjukdom som orsakas av olika typer av mutationer i F8 genen och resulterar i defekt eller avsaknad av koagulationsproteinet faktor VIII (FVIII). Detta leder till koagulationsrubbningar som kan orsaka blödningar i leder eller i mjuk vävnad. Bland patienter med svår HA förklaras sjukdomen i 45% av fallen av en inversion i intron 22 (int-22) i F8 genen. Inversionerna uppkommer på grund av rekombination mellan int22h-1 i intron 22 och de homologa regionerna int22h-2 och int22h-3. Syftet med den här studien var att använda mile-post analyser för att undersöka koppling vid olika avstånd mellan loci samt att undersöka om proportionen koppling vid respektive avstånd beror på mängden DNA i analysen. Därefter designa och validera ett detektionssystem för inversionsmutationer i HA med en mile-post baserad strategi. För detta ändamål användes droplet digital PCR (ddPCR) i kombination med mile-post analyser. Resultatet i den här studien visade att proportionerna kopplade fragment vid varierande avstånd mellan ankar-locus och mile-post-locus var konstant oavsett mängden DNA som analyserades. Vidare visade analys av artificiella blandningar att systemen som användes för inversionsdetektion var både kvalitativa och kvantitativa. Analysen kunde detektera haplotypen hos HA patienter med 100% överrensstämmelse med tidigare känd mutation. Efter ytterligare validering skulle den här analysen kunna användas i klinik för detektion av int-22 inversioner.
Tilldelningsdatum2018-dec.
OriginalspråkSvenska
HandledareChrister Halldén (Handledare), Christina Lind-Halldén (Handledare), Eric Manderstedt (Handledare) & Bodil Hernroth (Examinator)

Utbildningsprogram

  • Biomedicinska analytikerprogrammet

Högskolepoäng

  • 15 hp

Nationell ämneskategori

  • Miljövetenskap (10502)

Nyckelord

  • Hemofili A
  • F8 genen
  • intron 22 inversioner
  • droplet digital PCR
  • mile-post assays

Citera det här

'