Jämförelse av Vibrio parahaemolyticus överlevnad i marint och artificiellt saltvatten samt jämförelse av fyra kit för RNA-extrahering från V. parahaemolyticus

Abstract

Vibrio parahaemolyticus är en marin bakterie som människan kan få i sig via fisk och skaldjur eller genom att bada i vattnet med höga koncentrationer av denna bakterie och som kan orsaka mag- och tarminfektioner, öroninfektioner, sårinfektioner och till och med blodförgiftningar. Bakterien är patogen även för marina organismer. Eftersom ökad koldioxidhalt leder till havsförsurningen som kommer att försvaga immunsystem hos marina organismer är det viktigt att studera genuttrycket hos V. parahaemolyticus vid lägre pH för att få kunskap om den blir lika virulent. Syftet med denna studie är att jämföra bakteriens överlevnad i marint vatten och artificiellt vatten (ASW) eftersom det senare ofta används i laborativa studier av marina bakteriers egenskaper och funktion, samt att jämföra fyra kommersiella kit (TRIzol Max Bacterial RNA Isolation Kit Life Technologies), RNeasy Mini Kit (Qiagen), NucleoSpin RNA Plus (Macherey-Nagel) och SV Total RNA Isolation Kit (Promega)) för RNA extrahering både från bakterier i log-fasen vid rekommenderat bakterieantal och marint vatten vid lågt bakterieantal. Bakterierna överlevde lika bra i båda sorters vatten. När det gäller RNA extrahering gav TRIzol högst RNA-mängd, men sämre kvalitet, speciellt i extraherat från marint vatten. NucleoSpin gav lite högre RNA-mängd än Qiagen, men kvalitet hos RNA extraherat med Qiagen uppskattades som lite bättre när provet kördes ut på gel. Detta och mycket kort extraheringstid, samt bättre säkerhet och enklare steg kan göra att man föredrar NucleoSpin och Qiagen framför TRIzol.